В период боевых действий против незаконных вооруженных формирований в Чеченской республике в январе 1995 года при взрыве фугаса получил контузию головного мозга.
В августе 1998 года назначен командиром 160-го гвардейского танкового полка, в январе 2000 года получил звание полковника. В октябре и ноябре 1999 года Буданов дважды был контужен при разрыве снаряда и при обстреле танка из гранатомета.
Кандидат в мастера спорта по самбо. Женат, отец двоих детей.
Документальный фильм с небольшим интервью Буданова, фильм был снят уже после его смерти и охватывает всю жизнь легендарного героя войны в Чечне.
В 1998—2000 гг. командовал 160-м гвардейским танковым полком, принимавшим участие во Второй чеченской войне. В декабре 1999 года лично организовал и осуществил операцию по спасению 150 бойцов 84-го отдельного батальона спецназа ГРУ, попавших в окружение у села Дуба-Юрт. В 2003 году Северо-Кавказским окружным военным судом признан виновным в похищении и убийстве 18-летней чеченской девушки Эльзы Кунгаевой. Был осуждён к 10 годам лишения свободы. Следствие и суд над Юрием Будановым имели большой общественный резонанс. Вышел на свободу условно-досрочно в январе 2009 года. 10 июня 2011 года был застрелен в Москве предположительно уроженцем Чечни, Юсуп-Хаджи Темирхановым.